Sinüzitin sık tekrarına neden olan, septum deviasyonu, konka hipertrofisi ya da çocuklarda geniz eti büyümesi gibi kolaylaştırıcı bir neden varsa ameliyatla bu sorun ortadan kaldırılır.
Günümüzde sinüzit ameliyatı fonksiyonel endoskopik sinüs cerrahisi olarak adlandırılmaktadır.
Kronik sinüzitlerde genel anestezi altında yapılan bir ameliyattır. Bu ameliyat herhangi bir kesi yapmadan endoskopik aletler yardımıyla burun içerisinden gerçekleştirilir. Sinüs içerisindeki enfekte dokular, varsa polip temizlenir ve sinüslerin burna boşalımını sağlayan sinüs ağızları genişletilir.
Ameliyat süresi hastalığın yaygınlığına ve beraberinde müdahale gerektiren burun eti büyümesi ya da deviasyon varlığına göre değişir. Sinüzit ameliyatlarından sonra nadir gerekli durumlar dışında burun tıkanıklığı yaratacak bir tampon konulmaz.
Ameliyat sonrası ciddi bir ağrı olmaz normal hayata geçiş süresi birkaç gündür.